本實驗室之主要研究方向在於以數學、資訊、物理等理論與計算方法，分析與研究生物系統與網路，試圖進一步瞭解基礎生物現象，並應用於解決醫學、生物能源與農業生技等問題。聯合實驗室：臺大系統生物學實驗室

• 2017.12 阮老師和黃老師新書 “A Practical Guide to Cancer Systems Biology” 上線 (http://www.worldscientific.com/worldscibooks/10.1142/10685)
• 2015.12 台大黃振綜同學榮獲台灣大學生醫電資所第五屆學生傑出論文獎
• 2015.11 台大許家郎博士榮獲2015 Asia-Pacific Symposium of Neuroblastoma Best Poster Award
• 2015.10 台大黃振綜同學榮獲 The travel grant of the 74rd Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
• 2015.04 台大張心儀博士獲聘日本京都大學藥學院博士後研究員
• 2015.03 台大高士傑, 郭子霆, 陳瑋庭同學各榮獲第三十屆生物醫學聯合學術年會優秀論文壁報獎
• 2015.03 台大陳龍輝同學獲史丹福(Stanford)大學電腦科學系碩士班入學許可
• 2015.03 台大吳怡萱同學獲University of Florida 的博士班全額獎學金, Michigan State University 和 Johns Hopkins University 碩士班入學許可
• 2015.02 博士畢業生(2012)林振慶獲聘為國立陽明大學生醫資訊研究所助理教授
• 2015.01 台大陳卓逸同學獲聘為Harvard Medical School Dana-Farber Cancer Institute 博士後研究員
• 2015.01 台大陳卓逸同學通過博士論文口試
• 2015.01 台大張心儀博士榮獲日本學術振興會外國人特別研究員獎助 (JSPS Fellowship)
• 2014.11 台大張心儀博士、陳卓逸同學通過科技部補助博士後赴國外研究
• 2014.11 台大胡家瑋博士獲聘為University of Wisconsin–Madison博士後研究員
• 2014.11 台大張心儀博士, 黃振綜及王建凱同學榮獲2014 台灣蛋白體年會暨轉譯與系統生物學研討會海報獎
• 2014.09 台大胡家瑋博士與許家郎博士榮獲 The travel grant of the 73rd Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
• 2014.05 台大博士生陳卓逸同學榮獲15th International Conference on Systems Biology (ICSB2014) Student bursary (Travel Award)
• 2014.05 台大胡家瑋博士榮獲第十九屆生物物理研討會論文競賽優等獎
• 2013.11 台大博士生陳卓逸同學通過國科會公費補助博士生赴國外研究
• 2013.11 我們發表的論文 Lengthening of 3'UTR increases with morphological complexity in animal evolution 被 ESI 收錄為 Highly cited papers
• 2013.10 我們發表的論文 Coregulation of transcription factors and microRNAs in human transcriptional regulatory network 被 ESI 收錄為 Highly cited papers
• 2013.09 台大胡家瑋博士榮獲 The 12th Human Proteome Organisation World Congress (HUPO 2013) Travel Award
• 2013.09 台大許家郎博士和陳卓逸同學榮獲 The 7th Asia Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (AYRCOB 2013) Travel Award
• 2013.07 建中高二生黃信元榮獲2013年國際資訊奧林匹亞競賽銅牌
• 2013.06 台大張心儀博士和許家郎博士分別榮獲第十八屆生物物理研討會論文競賽第一名和第二名
• 2013.06 恭賀黃宣誠教授陞任生醫資訊所所長一職
• 2013.05 台大何亮融同學於台大生醫電資所所服設計競賽得獎
• 2013.04 我們發表的論文 Middle Infrared Radiation Induces G2/M Cell Cycle Arrest in A549 Lung Cancer Cells. PLoS ONE 8(1): e54117 (2013) 獲選為PLoS部落格癌症研究宣傳照
• 2013.04 台大徐寬豪同學榮獲第二十八屆生物醫學聯合學術年會優秀論文壁報獎
• 2013.01 台大阮雪芬老師榮獲2012年中華民國資訊學會李國鼎穿石獎
• 2012.11 林振慶同學榮獲臺大生醫電資所101年學生傑出研究獎
• 2012.11 林振慶同學榮獲臺大生醫電資所101年年度最佳博士學位論文獎
• 2012.11 林振慶同學榮獲中華民國資訊學會碩博士論文佳作獎
• 2012.08 黃宣誠老師榮陞教授
• 2011.09 林振慶同學榮獲The 9th Symposium on Bioinformatics and Systems Biology in Taiwan (BIT2011) Poster Award
• 2011.05 陳卓逸同學參加100年全國大專校院運動會一金二銀二銅（一項新大會紀錄）及大會運動精神獎
• 2010.10 陳卓逸同學參加2010年亞運國手集訓獲報紙特別報導 (聯合報、自由時報)
• 2010.06 陳卓逸同學榮獲99年全國分齡游泳錦標賽蛙式金牌並當選2010年亞運國手
• 2010.02 林振慶同學獲選 Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (第三屆『亞洲青年研究人員 計算生物與系統生物』研討會) Oral Presentation 及 Travel Support
• 2010.02 陳卓逸同學代表台灣赴日本東京參加游泳公開賽 (JAPAN OPEN 2010)
• 2009.12 陳卓逸同學參加98年全國冬季短水道分齡游泳錦標賽金牌、破蛙式50m全國記錄
• 2009.11 國科會科學發展月刊98年11月號刊登 台灣新發現 血癌細胞殺手F3
• 2009.10 陳卓逸同學參加98年全國運動會獲游泳銅牌
• 2009.09 台大阮雪芬老師通過升等教授
• 2009.06 李孟霜同學獲第五屆亞太區膜蛋白體學國際學術研討會壁報論文獎
• 2009.05 黃奕綺同學獲美國賓州大學全額獎學金補助，將於六月赴美修讀 Genomics & Computational Biology PhD Program
• 2009.05 台大陳卓逸同學代表台大參加全國大專校院運動會游泳賽成績優異 (蘋果日報、師大新聞)
• 2008.10 台大阮雪芬老師榮膺中華民國第四十六屆十大傑出青年
• 2008.05 碩二許俊威同學榮獲尹珣若先生論文獎