News


  • 25.11 楊閎翔和林靖雅榮獲 2025 Multiomics and Precision Medicine Joint Conference Best Poster Award
  • 25.10 李蒔青博士榮獲台灣大學生醫電資所第十五屆年度最佳博士論文獎與學生傑出論文獎
  • 25.05 曾鴻明同學榮獲 2025 International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics Best Poster Award
  • 25.03 陳品妤榮獲第三十九屆生物醫學聯合學術年會壁報論文優等獎
  • 25.02 阮老師榮獲113年度國科會傑出研究獎
  • 24.11 Pin-Yu Chen (陳品妤)和 Chia-Ming Chang (張家銘) 榮獲 2024 Multiomics and Precision Medicine Joint Conference Best Poster Award
  • 24.06 實驗室大專生翁瑋廷榮獲112年度國科會大專學生研究創作獎
  • 24.05 石睿嘉榮獲分子與細胞生物學研究所113學年度論文壁報競賽優等獎
  • 24.05 陳彥仁分別榮獲113學年度生命科學系論文壁報比賽優等獎
  • 24.03 Chen-Hao Huang (黃晨豪) 榮獲 2024 SMBE Regional Meeting in Taiwan Best Poster Award
  • 24.03 Kai Jie (Ray) Hu (胡凱捷) 榮獲 2024 SMBE Regional Meeting in Taiwan Best Poster Award
  • 24.03 石睿嘉榮獲第三十八屆生物醫學聯合學術年會壁報論文優等獎
  • 23.11 Chen-Hao Huang (黃晨豪)榮獲American Physiology Society Best Abstract Award
  • 23.11 Yi-Xuan Chen (陳奕璇)和 Tzu-Yang Tseng (曾子洋) 榮獲 2023 Multiomics and Precision Medicine Joint Conference Best Poster Award
  • 23.03 郭泉浩榮獲第三十七屆生物醫學聯合學術年會壁報論文優等獎
  • 23.01 阮老師接任國立臺灣大學副研發長
  • 22.11 Yi-Wen Chang (張怡雯)、Chuan-Hao Kuo (郭泉浩) 和 Chiao-Hui Hsieh (謝巧慧) 分別榮獲 Multiomics and Precision Medicine Joint Conference 第一名、第二名和佳作
  • 22.11 Kai-Pu Chen (陳凱普)、Yih-Yun Sun (孫懿筠) 和 Tzu-Yang Tseng (曾子洋) 榮獲 Multiomics and Precision Medicine Joint Conference Best Poster Award
  • 22.07 阮老師研究室誠徵博士後研究員 相關徵才資訊
  • 22.07 林顏修淇榮獲分子與細胞生物學研究所110學年度論文壁報競賽優等獎
  • 22.05 張凱傑和王茜淳分別榮獲110學年度生命科學系論文壁報比賽特優和優等獎
  • 22.05 李律榮獲生醫電子與資訊所第十一屆獎勵研究創新獎
  • 22.03 林顏修淇榮獲第三十六屆生物醫學聯合學術年會壁報論文特優獎
  • 22.03 Kai-Pu Chen (陳凱普)、Albert Li (李律)和Kuan-Ya Chen (陳冠雅)同學分別榮獲International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics 2022 Best Poster Award
  • 22.03 Tzu-Yang Tseng (曾子洋)和Yueh-Hua Tu (杜岳華)同學獲選International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics Oral Presentation
  • 21.06 實驗室大專生曾子洋榮獲109年度科技部大專學生研究創作獎
  • 21.04 建國中學 黃軒廷、陳畇銨、黃聖傑 獲臺北市第54屆中小學科學展覽會 佳作和探究精神獎
  • 21.01 杜岳華同學榮獲 Top 5 Best Paper Presentations in The 19th International Conference on Bioinformatics (InCoB 2020)

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Research Theme


ATP合成酶運送機制及在胞外囊泡的功能、運用系統生物學和人工智慧開發抗癌藥物

阮雪芬系統生物學實驗室博覽會介紹

Bioinformatics in JH Lab

Research Highlights


癌症研究中的異位 ATP 合成酶

正如 1997 年諾貝爾獎得主 Paul Boyer 所啟發的名言所述:「所有的酵素都很美,但 ATP 合成酶是其中最美、也最不尋常且最重要的一個。」長期以來,人們普遍認為 ATP 合成酶僅存在於粒線體中,因為細胞內大多數 ATP 的生成皆在粒線體進行。阮雪芬教授的研究團隊率先報導,不僅 ATP 合成酶,連同電子傳遞鏈也可表現在癌細胞表面。她鑑定出「異位 ATP 合成酶」作為多種癌症(如乳癌、肺癌與神經母細胞瘤)的新穎治療標的。其研究成果促成了新的治療策略:以 aurovertin B 治療乳癌〔J Proteome Res. 2008,並獲美國化學學會新聞與 Science Daily 報導〕,以及以 citreoviridin 治療肺癌〔Cancer Res. 2012;PLoS One 2013;Mol. Cell. Proteomics 2015〕。此外,阮博士發現同時精準標靶異位 ATP 合成酶與 26S 蛋白酶體,是乳癌合併治療的極佳策略〔Cell Death Dis. 2014〕。

在深入探討癌細胞表面異位 ATP 合成酶的功能時,阮教授團隊發現,阻斷異位 ATP 合成酶會透過長鏈非編碼 RNA(lncRNA)介導的磷酸化訊號網路引發癌細胞死亡〔Molecular & Cellular Proteomics 2020,蛋白體學領域的頂尖期刊〕。他們也發現,間質幹細胞表面的異位 ATP 合成酶可經由 ERK/c-Fos 訊徑促進腫瘤進展〔Molecular & Cellular Proteomics 2022,蛋白體學領域的重要期刊〕。此外,團隊進一步揭示,較高表現量的異位 ATP(eATP)合成酶會增加細胞外囊泡(EVs)的產生;eATP 合成酶可生成細胞外 ATP,藉由增強 P2X7 受體觸發的鈣離子內流來刺激 EV 分泌。研究亦發現,EV 表面的 eATP 合酶可透過與 Fyn 的關聯,提升腫瘤分泌之 EV 在 Jurkat T 細胞中的攝取〔Kao 等,Communications Biology 2023〕。

為了理解細胞內 ATP 合成酶複合體如何被運送至癌細胞表面,阮教授團隊結合了空間與時間蛋白體學、超解析度影像,以及活細胞即時融合分析。研究發現,ATP 合成酶複合體最初在粒線體內組裝,隨後沿著微管運送至細胞表面;此過程由 dynamin 相關蛋白 1(DRP1)與 kinesin 家族成員 5B(KIF5B)的交互作用所促進。團隊進一步證實,粒線體膜會與細胞質膜融合,使 ATP 合成酶錨定於細胞表面。這些發現為長期未解的異位 ATP 合成酶運輸機制提供了完整而深入的解答,並有助於理解腫瘤進展的動態機制〔Chang 等,Communications Biology 2023〕。

生醫大數據分析方法與資源的開發

生醫大數據 × AI × 精準醫療: 打造從資料到藥物的研究新視野
阮雪芬教授團隊長期致力於生醫大數據分析方法與研究資源的開發,結合系統生物學、人工智慧與多體學資料,建立可直接應用於癌症研究、藥物開發與感染性疾病的重要分析框架。研究成果不僅發表於國際頂尖期刊,也實際影響臨床與藥物研發方向。

1. 阻斷關鍵基因調控因子可能恢復免疫反應
團隊運用單細胞和空間多體學分析揭示,RUNX2 會驅動 CD8⁺ T 細胞走向終末型耗竭並導致免疫治療抗性,而藥理性抑制 RUNX2 則可恢復其細胞毒性並抑制腫瘤生長 (Molecular Cancer)。

2. 從癌症資料中「挖出」微生物新世界
團隊率先重新分析 TCGA 癌症資料中過去被忽略的非人類序列,成功揭示癌組織內的細菌轉錄體樣貌,並建構癌症微生物資料庫 BIC,開啟腫瘤微環境研究的新方向(Nucleic Acids Research)。

3. 用百萬筆資料找新藥、配新藥
整合超過 130 萬筆 公開基因表現大數據(LINCS),發展 AI 與系統生物學方法,加速癌症藥物重定位與合併療法設計,讓「資料」真正轉化為「治療策略」 (Clinical Cancer Research)。

4. 從 bulk 到單細胞,解析細胞命運與藥物反應
團隊開發單細胞基因調控網路分析、scDrug與 scDrug+藥物預測流程,能從單細胞資料結合AI直接推估潛在治療藥物,連結基礎研究與精準醫療應用 (Biomedicine & Pharmacotherapy)。

5. 即時回應全球健康挑戰
COVID-19 疫情期間,團隊快速建立 DockCoV2 藥物資料庫,支援國家層級的新冠藥物重定位研究,展現生醫計算研究的即戰力(Nucleic Acids Research)。


加入我們,你將學到什麼?

在這個團隊,你不只是「分析資料」,而是學會
✔ 如何把大數據變成生物洞見
✔ 如何從單細胞與空間體學推動藥物發現
✔ 如何用 AI 做真正能改變醫療的研究

如果你對 AI、生醫大數據、癌症研究、藥物開發或單細胞體學有熱情,這裡會是你發揮與成長的最佳舞台。


Research Projects


1. 運用多體學和大數據分析開發新冠病毒藥物
Multi-omics and big data analysis for COVID-19 drug discovery

2. 神經母細胞瘤中透過隧道納米管的細胞間交流
Elucidating the intercellular crosstalk via tunnelling nanotubes in neuroblastoma

3. 以單細胞網路分析探索神經母細胞瘤藥物
Single-cell network-based drug discovery for neuroblastoma