News


  • 18.11 謝巧慧同學榮獲第20屆罕見疾病博碩士論文獎助(http://www.tfrd.org.tw/tfrd/news/content/id/2650)
  • 18.11 張海妍博士榮獲2018台灣蛋白體學會年會壁報論文比賽第一名
  • 18.11 謝巧慧同學榮獲2018生化秋令營壁報論文獎
  • 18.09 發表在Cell出版的新期刊iScience: A Large-Scale Gene Expression Intensity-Based Similarity Metric for Drug Repositioning
  • 18.09 張海妍和張怡雯博士分別榮獲 The travel grant award of the 77th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
  • 18.06 孫珮文同學榮獲生技系專題研究成果獎
  • 18.06 李文琦和唐承緯同學分別榮獲106學年度分子與細胞生物研究所論文壁報競賽優等獎, 林詩涵和侯恁慈同學分別榮獲論文壁報競賽佳作
  • 18.05 博士生謝巧慧榮獲Travel Award of Advances in Neuroblastoma Research Conference
  • 18.03 鄭辰彥獲加州大學聖地牙哥分校和猶他大學博士班入學許可和全額獎學金
  • 18.03 唐承緯榮獲第三十三屆生物醫學聯合學術年會壁報論文競賽特優 (http://www.tsbmb.org.tw/html_zh/index.html)
  • 18.03 李文琦, 高翊竣和張海妍分別榮獲第三十三屆生物醫學聯合學術年會壁報論文競賽佳作
  • 18.1 實驗室博士畢業生陳卓逸老師獲科技部「愛因斯坦培植計畫」補助(http://web.ym.edu.tw/files/14-1133-33751,r1-1.php)
  • 17.12 阮老師和黃老師新書 “A Practical Guide to Cancer Systems Biology” 上線 (http://www.worldscientific.com/worldscibooks/10.1142/10685)
  • 17.11 鄞偈帆同學榮獲2017台灣蛋白體學會年會壁報論文獎
  • 17.11 張怡雯博士榮獲2017生化秋令營壁報論文獎
  • 17.11 建國中學高二黃佑聖同學榮獲臺北市106學年度地球科學科能力競賽一等獎
  • 17.09 謝巧慧同學和黃振綜同學分別榮獲 The travel grant award of the 76th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
  • 17.08 陳卓逸博士獲聘國立陽明大學生醫資訊所助理教授
  • 17.08 許家郎博士獲聘臺大醫院醫學研究部專案助理研究員
  • 17.08 張海妍同學研究成果獲得2017 Cascadia Proteomics Symposium海報比賽第三名
  • 17.06 張皓鈞和孫珮文同學申請通過科技部大專學生專題研究計畫
  • 17.05 鍾昀憲同學榮獲105學年度生命科學系論文壁報競賽優等
  • 17.04 張心儀博士獲聘日本京都大學藥學院助理教授
  • 17.03 黃鼎育和鍾昀憲分別榮獲第三十二屆生物醫學聯合學術年會優秀論文壁報獎
  • 17.03 柯逵悅同學獲哈佛大學 Computational Biology and Quantitative Analysis 和杜克大學碩士班入學許可
  • 16.10 張海妍同學和許家郎博士分別榮獲 The travel grant award of the 75th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
  • 16.05 林采羭同學榮獲104學年度生命科學系論文壁報競賽佳作
  • 16.03 王薇瑄和侯君里榮獲第三十一屆生物醫學聯合學術年會優秀論文壁報獎
  • 16.03 林采羭和陳允芃分別榮獲BIT2016暨陽明九州生醫資訊與生物科技研討會海報競賽第一名和第三名

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Research Theme


ATP合成酶運送機制及在胞外囊泡的功能、運用系統生物學和人工智慧開發抗癌藥物

阮雪芬系統生物學實驗室博覽會介紹

Bioinformatics in JH Lab

Research Highlights


系統生物學著重於以系統的觀點來了解生物系統的運作。由於高通量藥物合成、蛋白質體、微陣列、次世代定序及生物資訊技術的發展,使得系統生物學的研究愈發可行了。生物轉變的整體研究將能加快闡明生化路徑及疾病治療的速度。除此之外,系統生物學也著重於描述和了解複雜的生物系統如何運作以及發展預測人類疾病的模式。雖然疾病生物學很複雜,而藥物開發則必需倚靠生物反應,但是“基因到藥物”的希望之路已經是一觸即發,即將成功。本研究室也運用人工智慧(AI)技術進行藥物和基因表現的大數據分析,尋找老藥新用的新契機,並以細胞和動物實驗探究這些藥物新的作用機轉。

ATP 合成酶是細胞中重要的酵素,它能產生「能量貨幣分子」—ATP。Paul D. Boyer和John E. Walker因為釐清ATP合成的酵素機制而在1997年獲頒諾貝爾化學獎。長時間以來,ATP 合成酶一直被認為只出現在動物的粒線體內膜上,然而愈來愈多的證據顯示ATP 合成酶也會表現在癌組織的表皮細胞、乳癌和肺癌細胞,以及高危險性神經母細胞瘤的細胞膜上,這一類的ATP 合成酶被稱作「細胞膜異位表達ATP合成酶」。除了我們在2008年、2012年及2014年分別發表於Journal of Proteome Research、Cancer Research及Cell Death & Disease的文章中,證明阻斷細胞膜異位表達ATP合成酶的活性可以有效地抑制癌細胞生長外,也有許多報導指出細胞膜異位表達ATP合成酶具有可當作抗腫瘤及抑制血管新生藥物標靶的潛力。除此之外,我們發現它也出現在胞外囊泡膜上。細胞膜異位表達ATP合成酶是一個重要的蛋白質,但是它為何出現在細胞膜和胞外囊泡? 以及它在細胞膜及胞外囊泡的功能為何? 目前仍不是很清楚。因此本實驗室利用細胞和分子生物學、穿透式電子顯微鏡 (Cryo-EM),並結合體學技術(包括基因體、轉錄體、蛋白體和代謝體)和生物資訊學探討這些問題。

神經母細胞瘤(neuroblastoma;簡稱NB)是兒童最常見的頭外固態腫瘤,其中約20–25%帶有MYCN致癌基因放大現象。MYCN癌蛋白為Myc轉錄因子家族的一員,帶有MYCN基因放大的腫瘤屬於極高危險群,儘管經過多科整合治療,預後仍極為不佳。最近研究發現,某些長鏈非編碼核糖核酸(Long non-coding RNA,簡稱lncRNAs)在NB腫瘤生成與疾病惡化的過程中扮演重要角色。因此,若能深入探討MYCN與lncRNA間的調控網路,可更加了解NB的致病機轉,並有機會找到新的治療標靶。本實驗室目前的研究重點之一為探討神經母細胞瘤MYCN癌蛋白所驅動之lncRNA調控網路,並利用CRISPR/CAS9的基因體編輯技術將長鏈非編碼核糖核酸剃除,進而以多層體學方法探討它在高危險性神經母細胞瘤的分子功能。除此之外,我們也以基因表現巨量數據尋找高危險群神經母細胞瘤之新穎組合治療策略。

Research Projects


1. 以蛋白體學技術探討受異位表達ATP合成酶運送影響之磷酸化與乙醯化交互作用動態變化
Elucidating the interplay of phosphorylation and acetylation dynamics in ectopic ATP synthase trafficking by proteomics approaches

2. 以蛋白體學探討ATP合成酶如何透過胞外囊泡進行細胞與細胞間的溝通
Role of ectopic ATP synthase in cell-cell communications mediated by extracellular vesicles

3. 以基因表現巨量數據尋找高危險群神經母細胞瘤之新穎組合治療策略
Expression-based combinatorial therapeutic discovery in high-risk neuroblastoma

4. 探討長鏈非編碼核糖核酸在高危險性神經母細胞瘤的分子功能
To explore the molecular functions of long non-coding RNAs in high-risk neuroblastoma