Juan's Systems Biology Laboratory
From proteins to proteomics and beyond.... Aimed for drug discovery and bioenergy development; Systems & synthetic biology research
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start [2019/11/09 23:19] 游文萱 [News] |
start [2026/04/06 15:17] (current) 石孟澔 [News] |
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| + | * 26.03 馬敏絲與鐘若綺榮獲第四十屆生物醫學聯合學術年會壁報論文優等獎 | ||
| + | * 25.11 楊閎翔和林靖雅榮獲 2025 Multiomics and Precision Medicine Joint Conference Best Poster Award | ||
| + | * 25.10 李蒔青博士榮獲台灣大學生醫電資所第十五屆年度最佳博士論文獎與學生傑出論文獎 | ||
| + | * 25.05 曾鴻明同學榮獲 2025 International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics Best Poster Award | ||
| + | * 25.03 陳品妤榮獲第三十九屆生物醫學聯合學術年會壁報論文優等獎 | ||
| + | * 25.02 阮老師榮獲113年度國科會傑出研究獎 | ||
| + | * 24.11 Pin-Yu Chen (陳品妤)和 Chia-Ming Chang (張家銘) 榮獲 2024 Multiomics and Precision Medicine Joint Conference Best Poster Award | ||
| + | * 24.06 實驗室大專生翁瑋廷榮獲112年度國科會大專學生研究創作獎 | ||
| + | * 24.05 石睿嘉榮獲分子與細胞生物學研究所113學年度論文壁報競賽優等獎 | ||
| + | * 24.05 陳彥仁分別榮獲113學年度生命科學系論文壁報比賽優等獎 | ||
| + | * 24.03 Chen-Hao Huang (黃晨豪) 榮獲 2024 SMBE Regional Meeting in Taiwan Best Poster Award | ||
| + | * 24.03 Kai Jie (Ray) Hu (胡凱捷) 榮獲 2024 SMBE Regional Meeting in Taiwan Best Poster Award | ||
| + | * 24.03 石睿嘉榮獲第三十八屆生物醫學聯合學術年會壁報論文優等獎 | ||
| + | * 23.11 Chen-Hao Huang (黃晨豪)榮獲American Physiology Society Best Abstract Award | ||
| + | * 23.11 Yi-Xuan Chen (陳奕璇)和 Tzu-Yang Tseng (曾子洋) 榮獲 2023 Multiomics and Precision Medicine Joint Conference Best Poster Award | ||
| + | * 23.03 郭泉浩榮獲第三十七屆生物醫學聯合學術年會壁報論文優等獎 | ||
| + | * 23.01 阮老師接任國立臺灣大學副研發長 | ||
| + | * 22.11 Yi-Wen Chang (張怡雯)、Chuan-Hao Kuo (郭泉浩) 和 Chiao-Hui Hsieh (謝巧慧) 分別榮獲 Multiomics and Precision Medicine Joint Conference 第一名、第二名和佳作 | ||
| + | * 22.11 Kai-Pu Chen (陳凱普)、Yih-Yun Sun (孫懿筠) 和 Tzu-Yang Tseng (曾子洋) 榮獲 Multiomics and Precision Medicine Joint Conference Best Poster Award | ||
| + | * 22.07 阮老師研究室誠徵博士後研究員 {{:阮老師研究室誠徵博士後研究員一位.pdf|相關徵才資訊}} | ||
| + | * 22.07 林顏修淇榮獲分子與細胞生物學研究所110學年度論文壁報競賽優等獎 | ||
| + | * 22.05 張凱傑和王茜淳分別榮獲110學年度生命科學系論文壁報比賽特優和優等獎 | ||
| + | * 22.05 李律榮獲生醫電子與資訊所第十一屆獎勵研究創新獎 | ||
| + | * 22.03 林顏修淇榮獲第三十六屆生物醫學聯合學術年會壁報論文特優獎 | ||
| + | * 22.03 Kai-Pu Chen (陳凱普)、Albert Li (李律)和Kuan-Ya Chen (陳冠雅)同學分別榮獲International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics 2022 Best Poster Award | ||
| + | * 22.03 Tzu-Yang Tseng (曾子洋)和Yueh-Hua Tu (杜岳華)同學獲選International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics Oral Presentation | ||
| + | * 21.06 實驗室大專生曾子洋榮獲109年度科技部大專學生研究創作獎 | ||
| + | * 21.04 建國中學 黃軒廷、陳畇銨、黃聖傑 獲臺北市第54屆中小學科學展覽會 佳作和探究精神獎 | ||
| + | * 21.01 杜岳華同學榮獲 Top 5 Best Paper Presentations in The 19th International Conference on Bioinformatics (InCoB 2020) | ||
| + | ++++More news...| | ||
| + | * 20.12 王薇瑄同學榮獲第22屆罕見疾病博碩士論文獎助 | ||
| + | * 20.11 張怡雯博士榮獲Honorable Award of 2020 Annual Meeting of Taiwan Society for Mitochondrial Research and Medicine | ||
| + | * 20.11 謝巧慧同學榮獲台灣生物化學與分子生物學學會2020秋令營的壁報競賽特優 | ||
| + | * 20.07 阮老師榮獲特聘教授 | ||
| + | * 20.03 阮老師榮獲108年度科技部傑出研究獎 | ||
| + | * 20.03 實驗室碩士畢業生陳旻君獲德國慕尼黑工業大學博士班錄取 | ||
| + | * 19.12 張海妍博士榮獲多體學及精準醫學聯合會議口頭論文比賽第二名, 謝巧慧和李偉豪同學榮獲壁報論文獎 | ||
| * 19.11 張怡雯博士和王薇瑄同學分別榮獲 Honorable Award of 2019 Annual Meeting of Taiwan Society for Mitochondrial Research and Medicine | * 19.11 張怡雯博士和王薇瑄同學分別榮獲 Honorable Award of 2019 Annual Meeting of Taiwan Society for Mitochondrial Research and Medicine | ||
| * 19.09 黃振綜博士和謝巧慧同學分別榮獲 The travel grant award of the 78th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association | * 19.09 黃振綜博士和謝巧慧同學分別榮獲 The travel grant award of the 78th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association | ||
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| * 19.06 實驗室畢業生侯君里獲美國 The University of Texas at Dallas 商業分析碩士學程入學許可 | * 19.06 實驗室畢業生侯君里獲美國 The University of Texas at Dallas 商業分析碩士學程入學許可 | ||
| * 19.05 蔡漢萱同學榮獲 107 學年度生命科學系論文壁報比賽傑出獎 | * 19.05 蔡漢萱同學榮獲 107 學年度生命科學系論文壁報比賽傑出獎 | ||
| - | * 19.05 王嘉琪和廖玉潔同學分別榮獲 107 學年度分子與細胞生物學研究所論文壁報競賽優等獎, 李偉豪和張乃文同學分別榮獲佳作 | + | * 19.05 王嘉琪和廖玉潔同學分別榮獲 107 學年度分子與細胞生物學研究所論文壁報競賽優等獎, 李偉豪和張乃文同學分別榮獲佳作 |
| * 19.05 實驗室畢業生柯逵悅榮獲 Student Leadership Award (Duke University School of Medicine) 並代表系上畢業生上臺致詞 | * 19.05 實驗室畢業生柯逵悅榮獲 Student Leadership Award (Duke University School of Medicine) 並代表系上畢業生上臺致詞 | ||
| * 19.03 碩二生蔡漢萱和王嘉琪分別榮獲第三十四屆生物醫學聯合學術年會優秀壁報論文獎 | * 19.03 碩二生蔡漢萱和王嘉琪分別榮獲第三十四屆生物醫學聯合學術年會優秀壁報論文獎 | ||
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| * 18.03 唐承緯榮獲第三十三屆生物醫學聯合學術年會壁報論文競賽特優 ([[http://www.tsbmb.org.tw/html_zh/index.html]]) | * 18.03 唐承緯榮獲第三十三屆生物醫學聯合學術年會壁報論文競賽特優 ([[http://www.tsbmb.org.tw/html_zh/index.html]]) | ||
| * 18.03 李文琦, 高翊竣和張海妍分別榮獲第三十三屆生物醫學聯合學術年會壁報論文競賽佳作 | * 18.03 李文琦, 高翊竣和張海妍分別榮獲第三十三屆生物醫學聯合學術年會壁報論文競賽佳作 | ||
| - | * 18.1 實驗室博士畢業生陳卓逸老師獲科技部「愛因斯坦培植計畫」補助([[http://web.ym.edu.tw/files/14-1133-33751,r1-1.php]]) | + | * 18.1 實驗室博士畢業生陳卓逸老師獲科技部「愛因斯坦培植計畫」補助 |
| * 17.12 阮老師和黃老師新書 "A Practical Guide to Cancer Systems Biology" 上線 ([[http://www.worldscientific.com/worldscibooks/10.1142/10685]]) | * 17.12 阮老師和黃老師新書 "A Practical Guide to Cancer Systems Biology" 上線 ([[http://www.worldscientific.com/worldscibooks/10.1142/10685]]) | ||
| * 17.11 鄞偈帆同學榮獲2017台灣蛋白體學會年會壁報論文獎 | * 17.11 鄞偈帆同學榮獲2017台灣蛋白體學會年會壁報論文獎 | ||
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| * 17.03 黃鼎育和鍾昀憲分別榮獲第三十二屆生物醫學聯合學術年會優秀論文壁報獎 | * 17.03 黃鼎育和鍾昀憲分別榮獲第三十二屆生物醫學聯合學術年會優秀論文壁報獎 | ||
| * 17.03 柯逵悅同學獲哈佛大學 Computational Biology and Quantitative Analysis 和杜克大學碩士班入學許可 | * 17.03 柯逵悅同學獲哈佛大學 Computational Biology and Quantitative Analysis 和杜克大學碩士班入學許可 | ||
| - | ++++More news...| | ||
| * 16.10 張海妍同學和許家郎博士分別榮獲 The travel grant award of the 75th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association | * 16.10 張海妍同學和許家郎博士分別榮獲 The travel grant award of the 75th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association | ||
| * 16.05 林采羭同學榮獲104學年度生命科學系論文壁報競賽佳作 | * 16.05 林采羭同學榮獲104學年度生命科學系論文壁報競賽佳作 | ||
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| ====== Research Highlights ====== | ====== Research Highlights ====== | ||
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| - | {{:highlight.png |}}系統生物學著重於以系統的觀點來了解生物系統的運作。由於高通量藥物合成、蛋白質體、微陣列、次世代定序及生物資訊技術的發展，使得系統生物學的研究愈發可行了。生物轉變的整體研究將能加快闡明生化路徑及疾病治療的速度。除此之外，系統生物學也著重於描述和了解複雜的生物系統如何運作以及發展預測人類疾病的模式。雖然疾病生物學很複雜，而藥物開發則必需倚靠生物反應，但是“基因到藥物”的希望之路已經是一觸即發，即將成功。本研究室也運用人工智慧(AI)技術進行藥物和基因表現的大數據分析，尋找老藥新用的新契機，並以細胞和動物實驗探究這些藥物新的作用機轉。 | + | **癌症研究中的異位 ATP 合成酶** |
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| + | 正如 1997 年諾貝爾獎得主 Paul Boyer 所啟發的名言所述：「所有的酵素都很美，但 ATP 合成酶是其中最美、也最不尋常且最重要的一個。」長期以來，人們普遍認為 ATP 合成酶僅存在於粒線體中，因為細胞內大多數 ATP 的生成皆在粒線體進行。阮雪芬教授的研究團隊率先報導，不僅 ATP 合成酶，連同電子傳遞鏈也可表現在癌細胞表面。她鑑定出「異位 ATP 合成酶」作為多種癌症（如乳癌、肺癌與神經母細胞瘤）的新穎治療標的。其研究成果促成了新的治療策略：以 aurovertin B 治療乳癌〔//J Proteome Res.// 2008，並獲美國化學學會新聞與 Science Daily 報導〕，以及以 citreoviridin 治療肺癌〔//Cancer Res.// 2012；//PLoS One// 2013；//Mol. Cell. Proteomics// 2015〕。此外，阮博士發現同時精準標靶異位 ATP 合成酶與 26S 蛋白酶體，是乳癌合併治療的極佳策略〔//Cell Death Dis.// 2014〕。 | ||
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| + | 在深入探討癌細胞表面異位 ATP 合成酶的功能時，阮教授團隊發現，阻斷異位 ATP 合成酶會透過長鏈非編碼 RNA（lncRNA）介導的磷酸化訊號網路引發癌細胞死亡〔//Molecular & Cellular Proteomics// 2020，蛋白體學領域的頂尖期刊〕。他們也發現，間質幹細胞表面的異位 ATP 合成酶可經由 ERK/c-Fos 訊徑促進腫瘤進展〔//Molecular & Cellular Proteomics// 2022，蛋白體學領域的重要期刊〕。此外，團隊進一步揭示，較高表現量的異位 ATP（eATP）合成酶會增加細胞外囊泡（EVs）的產生；eATP 合成酶可生成細胞外 ATP，藉由增強 P2X7 受體觸發的鈣離子內流來刺激 EV 分泌。研究亦發現，EV 表面的 eATP 合酶可透過與 Fyn 的關聯，提升腫瘤分泌之 EV 在 Jurkat T 細胞中的攝取〔Kao 等，//Communications Biology// 2023〕。 | ||
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| + | 為了理解細胞內 ATP 合成酶複合體如何被運送至癌細胞表面，阮教授團隊結合了空間與時間蛋白體學、超解析度影像，以及活細胞即時融合分析。研究發現，ATP 合成酶複合體最初在粒線體內組裝，隨後沿著微管運送至細胞表面；此過程由 dynamin 相關蛋白 1（DRP1）與 kinesin 家族成員 5B（KIF5B）的交互作用所促進。團隊進一步證實，粒線體膜會與細胞質膜融合，使 ATP 合成酶錨定於細胞表面。這些發現為長期未解的異位 ATP 合成酶運輸機制提供了完整而深入的解答，並有助於理解腫瘤進展的動態機制〔Chang 等，//Communications Biology// 2023〕。 | ||
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| - | ATP 合成酶是細胞中重要的酵素，它能產生「能量貨幣分子」—ATP。Paul D. Boyer和John E. Walker因為釐清ATP合成的酵素機制而在1997年獲頒諾貝爾化學獎。長時間以來，ATP 合成酶一直被認為只出現在動物的粒線體內膜上，然而愈來愈多的證據顯示ATP 合成酶也會表現在癌組織的表皮細胞、乳癌和肺癌細胞，以及高危險性神經母細胞瘤的細胞膜上，這一類的ATP 合成酶被稱作「細胞膜異位表達ATP合成酶」。除了我們在2008年、2012年及2014年分別發表於Journal of Proteome Research、Cancer Research及Cell Death & Disease的文章中，證明阻斷細胞膜異位表達ATP合成酶的活性可以有效地抑制癌細胞生長外，也有許多報導指出細胞膜異位表達ATP合成酶具有可當作抗腫瘤及抑制血管新生藥物標靶的潛力。除此之外，我們發現它也出現在胞外囊泡膜上。細胞膜異位表達ATP合成酶是一個重要的蛋白質，但是它為何出現在細胞膜和胞外囊泡? 以及它在細胞膜及胞外囊泡的功能為何? 目前仍不是很清楚。因此本實驗室利用細胞和分子生物學、穿透式電子顯微鏡 (Cryo-EM)，並結合體學技術(包括基因體、轉錄體、蛋白體和代謝體)和生物資訊學探討這些問題。 | + | **生醫大數據分析方法與資源的開發** |
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| + | **生醫大數據 × AI × 精準醫療: 打造從資料到藥物的研究新視野**\\ | ||
| + | 阮雪芬教授團隊長期致力於生醫大數據分析方法與研究資源的開發，結合系統生物學、人工智慧與多體學資料，建立可直接應用於癌症研究、藥物開發與感染性疾病的重要分析框架。研究成果不僅發表於國際頂尖期刊，也實際影響臨床與藥物研發方向。\\ | ||
| - | 神經母細胞瘤（neuroblastoma；簡稱NB）是兒童最常見的頭外固態腫瘤，其中約20–25%帶有MYCN致癌基因放大現象。MYCN癌蛋白為Myc轉錄因子家族的一員，帶有MYCN基因放大的腫瘤屬於極高危險群，儘管經過多科整合治療，預後仍極為不佳。最近研究發現，某些長鏈非編碼核糖核酸（Long non-coding RNA，簡稱lncRNAs）在NB腫瘤生成與疾病惡化的過程中扮演重要角色。因此，若能深入探討MYCN與lncRNA間的調控網路，可更加了解NB的致病機轉，並有機會找到新的治療標靶。本實驗室目前的研究重點之一為探討神經母細胞瘤MYCN癌蛋白所驅動之lncRNA調控網路，並利用CRISPR/CAS9的基因體編輯技術將長鏈非編碼核糖核酸剃除，進而以多層體學方法探討它在高危險性神經母細胞瘤的分子功能。除此之外，我們也以基因表現巨量數據尋找高危險群神經母細胞瘤之新穎組合治療策略。 | + | **1. 阻斷關鍵基因調控因子可能恢復免疫反應**\\ |
| - | ====== Research Projects ====== | + | 團隊運用單細胞和空間多體學分析揭示，RUNX2 會驅動 CD8⁺ T 細胞走向終末型耗竭並導致免疫治療抗性，而藥理性抑制 RUNX2 則可恢復其細胞毒性並抑制腫瘤生長 (//Molecular Cancer//)。\\ |
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| - | **1. 以蛋白體學技術探討受異位表達ATP合成酶運送影響之磷酸化與乙醯化交互作用動態變化**\\ | + | |
| - | Elucidating the interplay of phosphorylation and acetylation dynamics in ectopic ATP synthase trafficking by proteomics approaches | + | |
| - | **2. 以蛋白體學探討ATP合成酶如何透過胞外囊泡進行細胞與細胞間的溝通**\\ | + | **2. 從癌症資料中「挖出」微生物新世界**\\ |
| - | Role of ectopic ATP synthase in cell-cell communications mediated by extracellular vesicles | + | 團隊率先重新分析 TCGA 癌症資料中過去被忽略的非人類序列，成功揭示癌組織內的細菌轉錄體樣貌，並建構癌症微生物資料庫 BIC，開啟腫瘤微環境研究的新方向（//Nucleic Acids Research//）。\\ |
| - | **3. 以基因表現巨量數據尋找高危險群神經母細胞瘤之新穎組合治療策略**\\ | + | **3. 用百萬筆資料找新藥、配新藥**\\ |
| - | Expression-based combinatorial therapeutic discovery in high-risk neuroblastoma | + | 整合超過 130 萬筆 公開基因表現大數據（LINCS），發展 AI 與系統生物學方法，加速癌症藥物重定位與合併療法設計，讓「資料」真正轉化為「治療策略」 (//Clinical Cancer Research//)。\\ |
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| + | **4. 從 bulk 到單細胞，解析細胞命運與藥物反應**\\ | ||
| + | 團隊開發單細胞基因調控網路分析、scDrug與 scDrug+藥物預測流程，能從單細胞資料結合AI直接推估潛在治療藥物，連結基礎研究與精準醫療應用 (//Biomedicine & Pharmacotherapy//)。\\ | ||
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| + | **5. 即時回應全球健康挑戰**\\ | ||
| + | COVID-19 疫情期間，團隊快速建立 DockCoV2 藥物資料庫，支援國家層級的新冠藥物重定位研究，展現生醫計算研究的即戰力（//Nucleic Acids Research//）。\\ | ||
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| + | **加入我們，你將學到什麼？**\\ | ||
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| + | 在這個團隊，你不只是「分析資料」，而是學會\\ | ||
| + | ✔ 如何把大數據變成生物洞見\\ | ||
| + | ✔ 如何從單細胞與空間體學推動藥物發現\\ | ||
| + | ✔ 如何用 AI 做真正能改變醫療的研究\\ | ||
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| + | 如果你對 AI、生醫大數據、癌症研究、藥物開發或單細胞體學有熱情，這裡會是你發揮與成長的最佳舞台。\\ | ||
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| + | ====== Research Projects ====== | ||
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| + | **1. 運用多體學和大數據分析開發新冠病毒藥物**\\ | ||
| + | Multi-omics and big data analysis for COVID-19 drug discovery | ||
| - | **4. 探討長鏈非編碼核糖核酸在高危險性神經母細胞瘤的分子功能**\\ | + | **2. 神經母細胞瘤中透過隧道納米管的細胞間交流**\\ |
| - | To explore the molecular functions of long non-coding RNAs in high-risk neuroblastoma | + | Elucidating the intercellular crosstalk via tunnelling nanotubes in neuroblastoma |
| - | {{ :2017_3_slide1.png|}} | + | **3. 以單細胞網路分析探索神經母細胞瘤藥物**\\ |
| - | {{ :2017_3_slide2.png|}} | + | Single-cell network-based drug discovery for neuroblastoma |
| - | {{ :2017_3_slide3.png|}} | + | |
| - | {{ :2017_3_slide4.png|}} | + | |
| - | {{ :2017_3_slide5.png|}} | + | |
| - | {{ :2017_3_slide6_2.png|}} | + | |
| - | {{ :2017_3_slide7.png|}} | + | |
| - | {{ :2017_3_slide8.png|}} | + | |
| + | {{ :阮雪芬_2026_1-2.jpg|}} | ||
| + | {{ :阮雪芬_2026_2.jpg|}} | ||
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